Dalam catatan fotografi bawah laut di kawasan Raja Ampat, Imam Brotoseno dalam http://dunialaut.com menyebutkan bahwa kandungan kekayaan biota laut Raja Ampat paling besar di seluruh area segitiga koral dunia, yaitu Philipina-Indonesia-Papua Nugini. Segitiga koral ini merupakan jantung kekayaan terumbu karang dunia yang dilindungi dan ditetapkan berdasarkan konservasi perlindungan alam internasional. Dari sekitar 600-an jenis terumbu karang di dunia, 75% diantaranya berada di perairan Raja Ampat.
Dengan begitu luasnya perairan Raja Ampat serta kekayaan biota lautnya yang beragam, maka wisatawan yang ingin menikmati panorama bawah laut dapat memilih beberapa titik penyelaman. Di sekitar Pulau Kri, misalnya, wisatawan dapat menyaksikan keindahan terumbu karang serta berbagai jenis ikan yang sangat menakjubkan, termasuk jenis ikan Queensland Grouper yang terkenal, ikan Kuwe, Kakap, Kerapu, Hiu Karang, Tuna, Napoleon Wrasse, Barracuda, serta Giant Trevally. Kekayaan berbagai jenis ikan di kawasan Pulau Kri ini pernah dibuktikan oleh Gerry Allen (dalam http://dunialaut.com), dimana dalam sekali menyelam ia mencatat setidaknya terdapat 283 jenis ikan. Jumlah yang sangat mencengangkan untuk satu kali penyelaman.
Titik penyelaman lainnya adalah di Sardine Reef dengan kedalaman sekitar 10 meter. Tempat ini menyajikan berbagai jenis ikan termasuk ikan Parrotfish yang memiliki warna yang cemerlang. Apabila ingin mencoba sensasi berada dalam terowongan batu karang, wisatawan dapat menyelam di sekitar Kepulauan Kaboei Bay Rock. Di kepulauan ini terdapat sebuah teluk yang di bawahnya merupakan sebuah terowongan batu karang. Di Kaboei Bay Rock juga terdapat gua-gua karang yang dihuni kelelawar, serta di beberapa tempat ditemukan sisa-sisa tulang manusia.
Masih banyak lagi titik-titik penyelaman yang dapat ditelusuri oleh para penyelam, seperti di The Passage, Pulau Fam, serta Pulau Misool. Selain menikmati kekayaan biota laut, wisatawan dapat pula menikmati situs-situs sejarah bawah laut, diantaranya kapal perang serta pesawat tempur yang karam di perairan Raja Ampat. Tak hanya itu, wisatawan juga bisa menikmati keindahan pulau-pulau di wilayah Raja Ampat. Daratan pulau-pulau di kawasan ini memiliki hamparan pantai yang mempesona, serta laut yang jernih.
